Шема дизајна и решење полипептидног пептидног ланца

И. Резиме
Пептиди су посебни макромолекули такви да су њихове секвенце необичне по својим хемијским и физичким карактеристикама.Неке пептиде је тешко синтетизовати, док је друге релативно лако синтетизовати, али их је тешко пречистити.Практични проблем је у томе што је већина пептида слабо растворљива у воденим растворима, тако да у нашем пречишћавању одговарајући део хидрофобног пептида мора бити растворен у неводеним растварачима, стога ће ови растварачи или пуфери вероватно бити у великој мери у супротности са употребом биолошких експерименталних процедура, тако да је техничарима строго забрањено да користе пептид у сопствене сврхе, тако да следи неколико аспеката дизајна пептида за истраживаче.

Шема дизајна и решење полипептидног пептидног ланца
Друго, правилан избор синтетичких тешких пептида
1. Укупна дужина низа регулисаних секвенци
Пептиде мање од 15 остатака је лакше добити јер се величина пептида повећава, а чистоћа сировог производа смањује.Како се укупна дужина пептидног ланца повећава преко 20 остатака, прецизна количина производа је кључна брига.У многим експериментима, лако је добити неочекиване ефекте смањењем броја остатака испод 20.
2. Смањите број хидрофобних остатака
Пептиди са великом доминацијом хидрофобних остатака, посебно у региону 7-12 остатака од Ц-терминуса, обично изазивају синтетичке потешкоће.Ово се види као неадекватна комбинација управо зато што се у синтези добија Б-преклоп.„У таквим случајевима, може бити корисно претворити више од два позитивна и негативна остатка, или ставити Гли или Про у пептид да би се откључала композиција пептида.
3. Смањење „тешких“ остатака
"Постоји велики број остатака Цис, Мет, Арг и Три који се генерално не синтетишу лако."Сер ће се обично користити као неоксидативна алтернатива Цис.
Шема дизајна и решење полипептидног пептидног ланца

Треће, побољшајте правилан избор растворљивих у води
1. Подесите Н или Ц крај
У односу на киселе пептиде (односно, негативно наелектрисане при пХ 7), ацетилација (ацетилација Н-краја, Ц крај који увек одржава слободну карбоксилну групу) се посебно препоручује за повећање негативног наелектрисања.Међутим, за базичне пептиде (то јест, позитивно наелектрисане при пХ 7), аминација (слободна амино група на Н-крају и аминација на Ц-крају) се посебно препоручује да би се повећао позитивни набој.

2. У великој мери скратите или продужите секвенцу

Неке од секвенци садрже велики број хидрофобних амино киселина, као што су Трп, Пхе, Вал, Иле, Леу, Мет, Тир и Ала, итд. Када ови хидрофобни остаци пређу 50%, обично их није лако растворити.Може бити корисно продужити секвенцу да би се додатно повећали позитивни и негативни пол пептида.Друга опција је да се смањи величина пептидног ланца како би се повећали позитивни и негативни полови смањењем хидрофобних остатака.Што су јача позитивна и негативна страна пептидног ланца, већа је вероватноћа да ће реаговати са водом.
3. Ставите у воду растворљив остатак
За неке пептидне ланце, комбинација неких позитивних и негативних амино киселина може побољшати растворљивост у води.Наша компанија препоручује да се Н-терминус или Ц-крај киселих пептида комбинују са Глу-Глу.Дат је Н или Ц крај основног пептида, а затим Лис-Лис.Ако се напуњена група не може поставити, Сер-Гли-Сер се такође може поставити у Н или Ц терминус.Међутим, овај приступ не функционише када се стране пептидног ланца не могу променити.